大棚蔬菜若施用化肥不当，不仅会导致土壤板结，引起肥害，而且还会使蔬菜硝酸盐、亚硝酸盐含量超标。因此大棚蔬菜施肥一定要科学。做到五要五防止：
五要
农家肥要腐熟。没有经过腐熟的农家肥存有病菌和虫卵，容易使病害得到传播。另外，如果将农家肥放到大棚里再腐熟，会产生氨气烧伤菜苗。
施肥方法要合理。底肥最好在蔬菜定植一周前施用，，并且要与土壤混合均匀。追肥可以在距离植株7～10厘米的地方沟施或者穴施，追肥后要及时盖土、浇水，千万不要将化肥直接撒在地面或植株上，以免化肥挥发或烧伤蔬菜秧苗。根外追肥应该在蔬菜需肥高峰期及蔬菜生长后期施用。
化肥施用要适量。大棚内的化肥不容易流失，过度施用化肥，能引起土壤中盐类浓度增加，导致土壤盐渍化。要控制氮肥用量，增施磷钾肥。
微肥用量要适宜。微量元素化肥在蔬菜上需求量虽然很小，但作用却很大。目前常用的微肥有硼、钼、锌、铁肥等。微肥多做基肥施用，也可以用于拌种、浸种或根外追肥。微肥适量与过量之间的范围比较窄，所以用量一定要准确，避免造成肥害。
氮肥要深施。氮肥深施并要覆土，这样可以减少与空气的接触机会，避免氮肥的挥发而产生氨气，危害棚菜，降低肥效。同时，氮肥深施，还能减少蔬菜对硝酸盐的积累，提高氮肥利用率。一般氮肥施用深度应在10～14厘米以下，并要求施后立即覆土。
五防止
防止叶菜类蔬菜施硝铵。小白菜、大白菜、苋菜、空心豆、芹菜、包心菜等，生长期间极易吸收硝态氮肥，如施用硝铵，叶菜吸收的都是硝酸盐类离子，对人体有害。
防止蔬菜施用尿素后浇水。尿素中所含的氮成分为酰铵态氮，酰铵态氮素转化为碳酸铵或碳酸氢铵后才能被蔬菜根系吸收利用。如果尿素施后马上浇水，酰铵态的氮素就会流失。所以，尿素无论做蔬菜的基肥或追肥，都应该在施后5～6天。
防止蔬菜反复施用硫铵。在酸性土壤或石灰性土壤的菜田中，如果连续多次施用硫铵，会使土壤变得更酸，使石灰性土壤出现板结，导致蔬菜生长发育不良。
防止缺水时施用碳铵。碳铵易挥发，在菜田施用碳铵时，无论做基肥还是做追肥，都应该在菜田湿润的情况下深施并立即覆土。
防止叶菜类蔬菜喷施高浓度氮肥。如果用尿素、硫铵等给蔬菜叶面喷施，虽然能使蔬菜叶肥色绿，但有害盐类在绿叶中的含量就会显著增加，继而影响消费者健康。